科學(xué)出版社由中國科學(xué)院主辦，為適應(yīng)社會主義市場經(jīng)濟，在組織結(jié)構(gòu)、選題結(jié)構(gòu)、市場結(jié)構(gòu)、經(jīng)營管理機制等方面進行大幅度的調(diào)整。

科學(xué)出版社領(lǐng)導(dǎo)班子始終清醒地認識和把握正確的出版方向，在制訂發(fā)展戰(zhàn)略中，一直把主攻高層次學(xué)術(shù)專著、基礎(chǔ)理論、國家重大項目、基本資料和社會公益性圖書放在首要位置。一方面在人力、財力、物力各方面給予保證，另一方面根據(jù)科研、教育、生產(chǎn)和人才培養(yǎng)需要，及時開發(fā)和推出一批批為科學(xué)研究基地服務(wù)、為發(fā)展高技術(shù)產(chǎn)業(yè)基礎(chǔ)服務(wù)、為培養(yǎng)人才服務(wù)的具有先進水平的專著、基礎(chǔ)理論、高技術(shù)與應(yīng)用技術(shù)的系列圖書。

公司始終堅持“專業(yè)化、精品化、系列化”的出版理念，高度重視重大重點出版工程建設(shè)，入選國家出版基金項目42項；入選國家科學(xué)技術(shù)學(xué)術(shù)著作出版基金項目占總數(shù)的一半以上；入選“十二五”國家圖書重點出版規(guī)劃項目90個、“十三五”國家重點圖書出版規(guī)劃項目70個；入選“三個一百”原創(chuàng)出版工程15種；等等。公司入選各類出版基金和部級規(guī)劃項目的數(shù)量均在全國出版社中位列前茅。

公司榮獲各類部級出版榮譽的數(shù)量也在全國出版社中位居前列：1993年榮獲國家首批“全國優(yōu)秀出版社”稱號；自1997年以來，公司共有12項圖書及成果先后榮獲國家科學(xué)技術(shù)進步二等獎（科普類）；自2006年中國出版工作者協(xié)會啟動中華優(yōu)秀出版物獎評選以來，公司在6屆評選中共有9項圖書獲獎；自2007年國家新聞出版廣電總局啟動中國出版政府獎以來，公司共獲得先進出版單位獎、圖書獎、期刊獎等各類榮譽28項，其中圖書獎14項；2009年榮膺“全國百佳圖書出版單位”稱號；2012年，公司被、文化部、廣電總局、新聞出版總署四部委聯(lián)合授予“全國文化體制改革工作先進單位”光榮稱號；自2012年以來，公司連續(xù)多年被首都精神文明建設(shè)委員會授予“首都文明單位”稱號。

公司還擁有一個高水平、高質(zhì)量、多品種的期刊方陣，2019年，公司年出版期刊347種，其中英文期刊131種，被SCI（《科學(xué)引文索引（ScienceCitationIndex）》）收錄53種、被EI（《工程索引（EngineeringIndex）》）收錄50種，有14種位于國際同類期刊Q1區(qū)。其中，《中國科學(xué)》、《科學(xué)通報》系列（簡稱“兩刊”）中英文17種期刊，是在中國科學(xué)院學(xué)部平臺上運作和管理的高水平學(xué)術(shù)期刊，是我國自然科學(xué)期刊中的知名品牌，曾獲得第一、二、三屆國家期刊獎，第二、三、四屆中國出版政府獎期刊獎等榮譽。高端綜述性學(xué)術(shù)期刊《國家科學(xué)評論》（NationalScienceReview）最新影響因子（2018）達13.222，在全球多學(xué)科綜合類期刊中排名第三。

公司積極響應(yīng)中央文化“走出去”戰(zhàn)略部署，與20多個國家和地區(qū)的200多家出版公司建立了長期的良好合作關(guān)系,并在設(shè)立美國、日本全資子公司的基礎(chǔ)上，于2019年完成了對法國EDPSciences100%股權(quán)的收購，完善了全球業(yè)務(wù)布局。近年來，每年輸出圖書版權(quán)均位居科技出版社之首，先后榮獲全國版權(quán)輸出先進單位、2008中國版權(quán)最具影響力企業(yè)、2015年全國版權(quán)示范單位等稱號，并且連續(xù)多年被商務(wù)部、宣傳部、財政部、文化部、廣電總局等五部委聯(lián)合評為“國家文化出口重點企業(yè)”。

在出版業(yè)數(shù)字化轉(zhuǎn)型的浪潮中，公司大膽創(chuàng)新，明確了從傳統(tǒng)出版向知識服務(wù)轉(zhuǎn)型發(fā)展的戰(zhàn)略路徑，確立了專業(yè)學(xué)科知識庫、醫(yī)療健康大數(shù)據(jù)、數(shù)字教育云服務(wù)等業(yè)務(wù)創(chuàng)新轉(zhuǎn)型的方向，并先后推出了“科學(xué)文庫”、“CourseGate教育云平臺”、“SCIPMED中科醫(yī)學(xué)資源庫”、“SciEngine中國科技期刊國際傳播平臺”等多款知識服務(wù)產(chǎn)品。其中，“SciEngine平臺”入選“全國報刊媒體融合創(chuàng)新30佳”榜單，“科學(xué)文庫”榮獲“第二屆中國出版政府獎音像電子網(wǎng)絡(luò)獎”。2015年，國家新聞出版廣電總局還授予公司“專業(yè)數(shù)字內(nèi)容資源知識服務(wù)模式試點單位”稱號。